Babesia se clasificaba por dos métodos, (1) el tamaño relativo y la forma de los trofozoítos en los eritrocitos y el número de merozoitos y (2) el huésped de origen. Con base en el tamaño, había dos grupos ( Babesia pequeña y grande ), pero esta división no está asociada con la relación filogenética. La identificación basada en el origen del huésped se basaba en la suposición de que estos parásitos son específicos del huésped, lo que ahora sabemos que no es el caso para muchas especies. La caracterización molecular de múltiples objetivos genéticos indica que los piroplasmas deben dividirse en al menos cinco o seis grupos: uno que incluye Babesia pequeña de varios roedores salvajes, félidos, cánidos y mesomamíferos (llamados arqueopiroplásmidos o grupo Microti ); uno que incluye parásitos de cérvidos, perros y personas (llamados piroplasmas occidentales, grupo Duncani o prototeiléridos); uno que incluye principalmente especies caninas, bovinas y cérvidas (babésidos); otro que incluye principalmente especies bovinas, equinas y ovinas (unguilibabésidos); y un grupo final que incluye Theileria y Cytauxzoon spp. (teiléridos). Algunos análisis sugieren que los babesidos y unguilibabésidos son un grupo monofilético y que los teiléridos representan hasta tres grupos separados. Independientemente de las divisiones, numerosos estudios apoyan que los organismos actualmente incluidos en el género Babesia son polifiléticos, y que se deberían erigir nuevos géneros para aclarar las relaciones filogenéticas de los piroplasmas. Curiosamente, se encuentran especies zoonóticas en todos los grupos con Babesia spp. pero no Theileria o Cytauxzoon spp. se han identificado como infecciones zoonóticas
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